Para el Torneo Apertura de 2007, llegan refuerzos como Herly Alcázar, Adrián Rojas y Miguel Aceval. Su primera experiencia internacional fue con la selección juvenil, que dirigida por Miguel Ignomiriello, disputó el Torneo Juvenil de Cannes en 1973. Allí, Kempes disputó 3 encuentros y marcó 4 goles: uno a Benfica, otro a Brasil, y dos a Standard Lieja. O’Higgins hizo un buen torneo, pero perdió puntos importantes, en las últimas fechas del campeonato, lo cual impidió que se consiguiera el ascenso. Además, Luis Machuca se consagró goleador del torneo, con 17 goles. En esta campaña destacaron Hugo Brizuela, Mario Nuñez, Baltazar Astorga, Luis Flores Abarca, Jonathan Novoa y los jugadores formados en casa Rodrigo Ramírez, Héctor Barra, Carlos Herrera, Diego Olate, Felipe Rojas, Luis Flores Manzor, Marcelo Lucero, Rony Pérez y Marco Rodríguez. En la ida, en El Teniente, en Rancagua, O’Higgins convierte y abre el marcador con autogol de Rodrigo Riquelme tras un cabezazo del defensor de O’Higgins, Juan Luis González, pero en los descuentos del segundo tiempo, un derechazo del defensor de Palestino, Luis Oyarzún, conocido en O’Higgins, coloca el marcador 1 a 1. En la vuelta, en el Municipal La Cisterna, Guillermo Suárez, Juan Luis González y Enzo Gutiérrez, golean 3 a 0 a Palestino.

Después de igualar en puntaje en el primer lugar con Rangers, se disputó un partido de definición por el título en Rancagua, en el cual Palestino se impuso 4-2 en penales, luego de empatar 2-2 en el tiempo reglamentario. Una derrota clave ante Everton (que terminó siendo campeón de la Primera B de ese año) por 2-0 en Rancagua, relegó a O’Higgins por primera vez en su historia, a participar tres años consecutivos en la segunda categoría. El 1 de junio de 2015, Marcelo Díaz sería clave para evitar el descenso de categoría de su equipo al marcar un gol de falta al minuto 91′ del partido de vuelta frente al Karlsruher en los play-offs de ascenso y descenso, gol con el que llegaron a la prórroga para luego ganar el partido y mantenerse en la primera división. En 2007, el club de la Major League Soccer Los Angeles Galaxy suprimió el número del exjugador Cobi Jones, el 13; fue el primer equipo de la MLS en hacerlo.

En el Torneo Clausura 2007, el equipo realiza una buena campaña, que lo ubica primero en su grupo. En los cuartos de final, el equipo de la sexta región fue eliminado por Colo-Colo, equipo que a la postre fue el campeón. El 8 de septiembre, un papel, en una de las llamadas «palomas», emanó desde las profundidades con los nombres de los mineros que son seguidores de Colo-Colo, y se comprobó que de los 33, al menos 20 son hinchas de este club; Colo-Colo, a través de su filial en Copiapó, hizo llegar 20 camisetas personalizadas a las profundidades de la mina, y con el número 33 en la espalda. El Gobierno de Chile presumía sacar a los mineros del refugio el martes 12 de octubre a partir de las 20:00 hora de Chile (23:00 UTC) y durante el transcurso de los días 13 al 15, aunque finalmente lo hizo durante el transcurso del día 13 sin ningún inconveniente.

El partido con Chile fue seguido por centenares de aficionados que se apostaron en el Prado para escuchar por parlantes la transmisión del partido y celebraron los goles ruidosamente. En este torneo, también se recuerda el partido disputado con Universidad de Chile, denominado por la prensa deportiva como «el partido de la década», con un triunfo de 5-4 del club universitario, equipo que terminó siendo campeón ese año. El 1 de septiembre de 2001, oficializó su retiro de la selección en un partido ante su similar de Francia quien era en ese entonces el actual campeón del mundo, que acabó con el triunfo chileno por 2:1. Zamorano fue reemplazado por Claudio Núñez en el minuto 84, cuando recibió la ovación de 65 000 personas que repletaron el Estadio Nacional. Los colegios británicos se dividieron frente al Código Rugby; mientras varios decidieron seguirlo, otros decidieron rechazarlo debido a que en ellos la práctica era no tocar el balón con la mano. El 20 de febrero de 1969 enfrentó un amistoso frente a la selección de la URSS, ante la que perdió 1-3 en Bogotá. En 1922, con la fusión del Ibérico Balompié y el Ciclista Ibérico, se comenzó a utilizar el color rojo en la camiseta, que se ha mantenido durante la historia del club con cambios mínimos.